干细胞技术最显著的作用就是：能再造一种全新的、正常的甚至更年轻的细胞、组织或器官。
由此人们可以用自身或他人的干细胞和干细胞衍生组织、器官替代病变或衰老组织、器官，并可以广泛涉及用于治疗传统医学方法难以医治的多种顽症，诸如肠损伤等。
从理论上说，应用干细胞技术能治疗各种疾病，并且具有很多传统治疗方法无可比拟的优点。
干细胞尤其是间充质干细胞，是一种很聪明的细胞，它具有多向分化潜能，可分化为多种组织细胞，诸如神经细胞、内皮细胞、脂肪细胞、肌细胞、肝细胞、成骨细胞、软骨细胞等等。

自动“导航”到身体需要恢复的地方
“归巢（homing）”是干细胞聪明的一个表现。
“归巢”这个概念早在1983年就提出来了，原本是指循环在血液中的淋巴细胞，有迁移回派生出它们的淋巴组织部位（如淋巴结）的倾向，这一回归现象称为“淋巴细胞的归巢”。后来“归巢”这一概念也逐渐引申到干细胞。
干细胞归巢就是指自体或外源性干细胞在多种因素的作用下，能定向趋向性迁移，越过血管内皮细胞至靶向组织，并定植存活的过程，类似于人体局部炎症反应后大量白细胞迁移至炎症周围。
干细胞的归巢能力就像自带了GPS，通过定位系统自动导航去身体需要它的地方，及时修复受损细胞。
干细胞周围的细胞形成像摇篮样的环境保护着干细胞，这一环境被称为微环境（干细胞巢，niche），它是干细胞存在的基础。
微环境由和干细胞相邻的各种细胞、细胞外基质(ECM)以及多种细胞因子等构成。微环境不仅给干细胞提供养分，同时还指导干细胞的行动，决定干细胞的分化方向。
微环境改变是干细胞归巢的始动因素，组织损伤局部表达多种趋化因子、黏附因子、生长因子等各种信号分子。不同的微环境分泌不同的信号分子，吸引干细胞定向到达该组织。
干细胞归巢，最终归巢至骨髓，归巢至各个脏器，归巢至炎症及创伤部位。
干细胞归巢于靶向组织，是干细胞作为种子细胞应用于临床的前提。越来越多研究表明，干细胞尤其是间充质干细胞，能够选择性归巢于多种组织的损伤部位。
近年来，大量干细胞的研究成果不断涌现，其中的一些研究表明，干细胞的归巢性使其在治疗疾病尤其是难治性疾病方面，表现出不可替代的优势。